Trong khi đó, các khu dân cư kết hợp với vùng sinh thái nông nghiệp ven sông Đà Rằng và sông Bàn Thạch; khu vực dọc theo triền sông Đà Rằng, sông Đà Nông và Biển Hồ, sẽ tạo vùng cảnh quan môi trường sinh thái kết hợp dịch vụ du lịch. Vùng sinh thái nông nghiệp sẽ là vùng đệm và là khu vực dự trữ phát triển cho Khu kinh tế trong tương lai; trong đó có vùng bảo vệ cảnh quan thiên nhiên bao gồm toàn bộ khu vực các núi Đá Bia, Hòn Bà, Vũng Rô và Đèo Cả.

Hiện nay, trong Khu kinh tế Nam Phú Yên đã có nhiều công trình đi vào hoạt động, như cảng Vũng Rô; khu công nghiệp Hoà Hiệp giai đoạn I; cầu Đà Nông và tuyến đường Phước Tân – Bãi Ngà đến cảng Vũng Rô; khu tái định cư Phú Lạc; kè chống xói lở bờ Nam sông Đà Rằng; hạ tầng khu đô thị mới Nam TP Tuy Hoà; khu trung tâm hành chính mới và khu dân cư xã Hoà Tâm.

Dọc theo tuyến đường ven biển từ cầu Hùng Vương đến cảng Vũng Rô, nhiều công trình giao thông, khu công nghiệp, trung tâm hành chính, hạ tầng khu đô thị mới đang được khẩn trương thi công với tổng vốn đầu tư lên đến hàng ngàn tỷ đồng.

Để có hạ tầng khớp nối và cơ bản hoàn chỉnh hiện nay, từ những năm trước, Tỉnh ủy, UBND tỉnh Phú Yên đã ban hành kế hoạch đầu tư xây dựng kết cấu hạ tầng KKT Nam Phú Yên giai đoạn 2011-2015 với tổng vốn 36.100 tỷ đồng.

Hiện nay, Ban quản lý Khu kinh tế Phú Yên đang dồn sức xây dựng phát triển vùng kinh tế động lực Nam Phú Yên theo hướng ưu tiên vốn đầu tư xây dựng các dự án hạ tầng thiết yếu, trong đó khu đô thị mới Nam TP. Tuy Hoà hiện đã cơ bản xong giai đoạn 1 và  đã thực hiện bán đấu giá các lô đất liền kề và đất biệt thự.

Theo Ban quản lý Khu kinh tế Phú Yên, thời gian tới, sẽ ưu tiên đầu tư xây dựng các khu tái định cư Phú Lạc và Hòa Tâm; khu đô thị trung tâm Hòa Vinh; khu đô thị dịch vụ công nghiệp Hòa Hiệp; khu hóa dầu Hòa Tâm, lọc dầu Vũng Rô; khu phi thuế quan và các khu du lịch sinh thái…